Najwcześniej udział histaminy w funkcjach fizjologicznych i reakcjach patologicznych został poznany w początkowych reakcjach uczuleniowych oraz we wstrząsie anafilaktycznym. Udowodniono, że po połączeniu się antygenu z przeciwciałem kompleks ten wiąże się z błonami komórek tucznych i krwinek białych zasadochłonnych, powodując gwałtowne uwolnienie histaminy z jej magazynów, w których jest związana z heparyną. W czasie tej reakcji następuje zwiększenie syntezy i uwalniania również innych autakoidów: prostaglandyn oraz innych metabolitów kwasu arachidonowego, kalikreiny, kinin oraz 5-HT. Dlatego też antagoniści receptora h1 nie znoszą uogólnionych reakcji uczuleniowych i objawów wstrząsu anafilaktycznego, natomiast działają leczniczo w objawach uczuleniowych umiejscowionych, w których następuje głównie uwalnianie histaminy. Wiele leków uwalnia histaminę z miejsc jej magazynowania, m.in. grupa kurary. morfina, dekstran, antybiotyki. U ludzi nadwrażliwych leki te mogą wywołać ciężkie powikłania. Histamina bierze udział w mechanizmach regeneracyjnych uszkodzonych tkanek oraz mechanizmach mnożenia się komórek w tkankach szybko odnawiających się. Reguluje ona normalne wydzielanie soku żołądkowego.